Начавшаяся Великая Отечественная война в корне изменила жизнь всей страны. Не остался в стороне и Горьковский университет. Многие преподаватели и студенты ГГУ ушли на фронт. Оставшиеся в тылу были вынуждены подчинить свои научные интересы нуждам фронта и оборонной промышленности. Сразу же со студенческой скамьи ушел на фронт будущий академик Г. Г. Девятых. Ушли работать в оборонную промышленность Н. К. Рудневский, И. Б. Рабинович, ставшие в последующем профессорами химического факультета.
В годы войны доцент И. А. Коршунов разработал составы флюсов для сварки алюминия. Кафедра аналитической химии разработала и внедрила в различные оборонные производства целый ряд методов микрохимического анализа. Профессор И. М. Коренман, ставший в первые предвоенные и военные годы деканом химфака (1939-1944 гг.), опубликовал монографию «Анализ отравляющих веществ». Кафедра неорганической химии во главе с С. И. Дьячковским работала над заменителями керосина и по специальным заданиям оборонных заводов. Особо следует отметить работу кафедры органической химии. Под руководством профессора А. Д. Петрова были получены новые высококачественные виды моторных масел. За эти выдающиеся работы, которые тут же внедрялись в производство, А. Д. Петров был удостоен Государственной или Сталинской, как она тогда называлась, премии второй степени и награжден орденом Трудового Красного Знамени.
В военные годы на факультете были начаты работы по эмиссионному спектральному анализу. Молодой Николай Константинович Рудневский, перешедший в 1944 году с автозавода в аспирантуру химического факультета под руководством М. Б. Неймана и Н. С. Свентицкого, занялся налаживанием спектрального экспресс-контроля металлов и сплавов на заводах Горьковского промышленного района. Всего за годы войны на заводах было организовано 27 пунктов эмиссионного спектрального анализа. За эти работы Н. С. Свентицкому, как непосредственному руководителю, была присуждена Государственная премия.
В феврале 1943 года на заседании Всесоюзного комитета по делам Высшей школы при Совнаркоме СССР был заслушан доклад профессора М. Б. Неймана о целесообразности создания НИИ химии при ГГУ. 15 февраля 1944 года председатель Совнаркома РСФСР А. Н. Косыгин подписал распоряжение о создании НИИ химии, а 26 февраля 1944 года был издан приказ наркома просвещения РСФСР о создании с 1 марта 1944 года НИИ химии при ГГУ.
Первым директором НИИ химии ГГУ был назначен М. Б. Нейман. Штат института первоначально составлял 25 человек. Сразу же была утверждена и структура в составе 5 лабораторий:
В 1944-1945 гг. сотрудники института разрабатывали методики анализа примесей в спецсталях, черных металлах, быстрорежущих сталях и алюминиевых сплавах. К работе в институте были привлечены профессора и ведущие преподаватели химического факультета. Институт химии стал великолепной научно-производственной базой химического факультета, и в его стенах сосредоточилась значительная часть химических исследований.