Химический факультет работает в тесном сотрудничестве с базовыми институтами химического профиля НИИХ ННГУ, ИМХ РАН, ИХВВ РАН в составе Нижегородского объединенного учебно-научного центра университета и институтов РАН (ОУНЦ), созданного договором между ННГУ, ИМХ РАН, ИХВВ РАН, ИПФ РАН, ИФМ РАН в 2001 году.
На базе кафедр факультета и лабораторий институтов созданы научно-образовательные центры, в том числе: